Новая вычислительная техника, программное обеспечение определяет типы клеток в опухоли и ее микросреде. - Онлайн-газета "Московские новости"

Открытие новых групп или категорий внутри болезней, организмов и биологических процессов и их организация в иерархические отношения являются важными и повторяющимися задачами в биологии и медицине, которые могут помочь выявить уязвимые места групп и, в конечном итоге, новые терапевтические вмешательства.

Теперь новое исследование представляет новую вычислительную методологию и связанный с ней программный инструмент под названием K2Taxonomer, который поддерживает автоматическое обнаружение и аннотацию молекулярных классификаций на нескольких уровнях разрешения на основе высокопроизводительных массовых и одноклеточных «омических» данных. Исследование включает в себя тематическое исследование, в котором подробно анализируется транскриптом лимфоцитов, инфильтрирующих опухоль груди ( лейкоциты в иммунной системе , также известные как TIL) на одноклеточной основе, что значительно расширяет предыдущие результаты и демонстрирует включение методов. в расширенный рабочий процесс анализа in-silico (созданный с помощью компьютерного моделирования).

«Наше исследование представляет собой всестороннюю оценку и обширный сравнительный анализ метода на смоделированных и реальных данных, который убедительно демонстрирует его высокую точность, превосходные характеристики по сравнению с другими репрезентативными методами и его способность (повторно) обнаруживать известную вложенную молекулярную классификацию», – пояснил первый автор Эрик Рид, доктор философии, недавний выпускник программы BU Bioinformatics.

Исследователи обнаружили, что основанный на K2Taxonomer анализ данных отдельных клеток из TIL молочной железы характеризует транскрипционную сигнатуру, общую для нескольких подмножеств иммунных Т-клеток. Важно отметить, что анализ показал, что активация этой сигнатуры связана с лучшей выживаемостью у пациентов с раком груди. «Наше исследование указывает на некоторые особенности того, как будет выглядеть эффективный иммунный ответ против рака. Это не только может позволить нам лучше предсказать, как будут себя чувствовать пациенты с раком груди после постановки диагноза, но также выявить некоторые специфические иммунные программы, которые необходимо улучшить. чтобы вызвать (буквально) убийственный иммунный ответ » , – добавил автор-корреспондент Стефано Монти, доктор философии, доцент медицины Школы медицины Бостонского университета (BUSM).

По словам Монти, идентификация и характеристика различных типов клеток в опухоли, ее микросреды и более глубокое понимание их перекрестного взаимодействия необходимы для лучшего понимания механизмов инициации, прогрессирования рака и чувствительности к подходам вмешательства. Он говорит, что недавно разработанная методология может быть в равной степени применена к анализу других компонентов опухоли, включая различные типы злокачественных клеток , строму опухоли (поддерживающую ткань) и адипоциты, связанные с раком (клетки, специализирующиеся на хранении жира).

от elenan27

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *